Địa bàn xã Yên Phong hiện nay trước đây vốn là xã Yên Nhuận và một phần xã Phong Huân cũ.

Trước khi sáp nhập, xã Yên Nhuận có diện tích 29,14 km², dân số là 2.013 người, mật độ dân số đạt 69 người/km², có 10 thôn, bản: Đon Mạ, Quang, Noỏng, Lẹng, Pác Đá, Lanh, Khuôn Toong, Phiêng Quắc, Khau Toọc, Tắm. Xã Phong Huân có diện tích 23,67 km², dân số là 853 người, mật độ dân số đạt 36 người/km², có 6 thôn: Cưa, Nà Tấc, Pác Cộp, Nà Chợ, Nà Mạng, Khuổi Xỏm.

Ngày 10 tháng 1 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 855/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Bắc Kạn (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 2 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập 16,26 km² diện tích tự nhiên và 653 người thuộc 5 thôn: Nà Tấc, Pác Cộp, Nà Chợ, Nà Mạng, Khuổi Xỏm của xã Phong Huân vừa giải thể với xã Yên Nhuận thành xã Yên Phong.